La vegetación de Atapuerca por aquel entonces no se diferencia mucho de la actual ya que al ser una región situada en una colina la vegetación se basaba en encinas, robles y pinos principalmente, aunque también aparecía algún abedul u olivo. Existían claros de praderas con hierbas y arbustos (brezos) y otras más boscosas y espesas con ón de cómo era el paisaje es la paleoecología, que es la rama de la paleontología
Por lo que respecta a la fauna, los animales más comunes que aparecían por allí eran ciervos que pastaban, osos que solían habitar en las cuevas y cavernas del lugar, manadas de caballos, bisontes y algún que otro rinoceronte. Aparecían también algunos mamíferos de menor tamaño como ratones, topillos, y ratas de agua que vivían en las grietas de entre las rocas y que eran la presa de aves rapaces, zorros, gatosmonteses y linces que también solían alimentarse de marmotas y conejos del lugar. Dentro de los depredadores destacaban los puerco espines, las hienas manchadas, los dientes de sable y los jaguares.
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